害虫とは異なり、個体数は少ないが被害が直接的であり、1匹による影響も甚大なものとなる。人間の社会生活に溶け込んでいるものも多く存在し、またそれらの多くは賢いため、駆除の時は人間との知恵比べが試される。また、小動物は哺乳類であり、私たち人間と近縁的に近いため駆除事態が倫理的な問題として扱われる場合もあるため、害虫防除とは考え方が大きく変ってくる場合がある。日本における害獣はモグラやタヌキ、アライグマ、ノネコ、ノイヌなどである。しかし、これらはもともと人間生活とかけ離れた山奥や人間と一緒に生活していた種がほとんどである。人間が生活場所を奪ったり、飼育していたものを捨てたりしか事から害獣と呼ばれる様になったことも忘れてはならない。
モグラ類
モグラによる被害があった場合、本州の中部（静岡・長野・石川）を境にして北側ではアズマモグラ Mogera wogura、南側ではコウベモグラ Mogera robustaによるもと考えても間違いないほど、この2種が日本を占めている。アズマモグラ、コウベモグラ共に低地の草原や農耕地から山地の森林にまで分布するが、湿潤で土壌の深い平野部で最も生息密度が高い。昆虫類とミミズを主に捕食するが、ジムカデ類やヒル類、植物の種子なども食べる。モグラによる被害には、農作物やガーデニング・園芸植物の被害、モグラが掘り巡らした穴を大量の雨水が流れて土砂が流出したり、庭がボコボコになったりするなどの被害がある。
アライグマ -Procyon lotor -
アライグマは本来、北米原産の動物であるが1962年愛知県犬山市の動物園飼育個体の逃亡を皮切りに各地で逃亡・定着がおこり、2000年時点で確実なだけでも17都道府県から侵入の情報が得られている。動物園からの逃亡以外にも、ペットとして飼われていた飼育個体が逃亡・放棄されたことも分布拡大の要因であろう。本種の被害としては、農作物の食害やアライグマ回虫症といった人間生活への直接的被害のほかに、捕食・競合による在来種への影響が危惧される。2005年6月から施行されている「外来生物法」にも特定外来生物として指定された。
ハクビシン -Paguma larvata -
ハクビシンは、戦中から戦後にかけて四国、東海地方と東北地方において集中的に生息が確認された。東南アジアを中心に、中国、台湾に生息しているため、在来種であれば九州に生息していないのは不自然であり、外来種であると考えられている。本種は第二次世界大戦中には毛皮用の養殖タヌキと共に飼育されていたが、毛皮の質が悪いため放逐された。そして現在になってその数を増やしたものと考えられる。生活様式がアライグマに酷似していること、また分布域を広げていることから農作物や生態系への影響が懸念される。
ノネコ -Felis catus -
飼いネコが野生化したいわゆる野良ネコ。日本全国に分布し、人間の出す残飯を食べて暮らしているものが多い。日本国内では、冬季の生活条件から温暖な西日本に多く、寒冷地には少ない。ノネコの被害としては、ゴミ置き場のゴミをあさって散らかしたり、発情期には雄同士で喧嘩するため騒音で悩まされたりという被害がある。また、沖縄などでは絶滅が危惧される希少種への食害やヤマネコとの交雑、病気の伝染などの被害も心配されている。
ノイヌ -Canis familiaris -
ノネコ同様に飼いイヌが野生化したいわゆる野良イヌ。放棄されたペットや放置された猟犬がノイヌとなっている。単独で生活するものもいるが、数頭が集まり群れで生活することが多い。野生動物を捕食したり、残飯に依存したりして生活している。北海道東部、日光、丹沢、対馬などではシカの捕食者となっている。ノイヌ化しているのは中型犬以上が多く、野外適応性が低い小型犬、座敷犬類は少ない。
タヌキ -Nyctereutes procyonides -
山地だけではなく、郊外の住宅地周辺にまで広く分布する。鳥類、野ネズミ、昆虫、野生果実類などを採食するが、イタチやキツネと比べると甲虫の幼虫やミミズなどの土壌動物の採食量が多い。タヌキには縄張りを識別するために、排泄物を特定の場所に集めるタメ糞を行なう。また、最近では住宅地付近に出没しては、住民に餌付けされ行動圏を広げているものもいる。そのようなタヌキがゴミ捨て場などを荒らし問題となる。