日本におけるネズミは、ネズミ亜科とハタネズミ亜科に分類でき、種および亜種・変種を合わせると10属27種とされている。そして、そのほとんどが農耕地や山林などの野外で生活している。一方、家屋やその周辺に住みついている住家性ネズミはドブネズミ、クマネズミ、ハツカネズミの3種である。この3種ももともと野外で生活していたが、いつの間にか人間と生活するようになり、大きな繁栄を得ることになった。ネズミは一生門歯が伸び続けるため常に堅い物を齧る習性がある。そのため、食べ物だけでなく建材や家具、電気や電話の配線まで齧ることがある。齧られた配線はショートし、しばしば火災の原因となることもある。また、イエダニや病原体、寄生虫を媒介する厄介者でもある。ネズミによる代表的な病気としては、中世ヨーロッパで当時の人口の1/3もの命を奪ったペストがある。その他にもサルモネラ症、鼠咬症、ワイル病などがある。
ドブネズミ -Rattus norvegicus -
住家性ネズミの中で最も大きく、かつ肥満型。もともと中央アジア一帯の沼沢地に生息していた野ネズミである。成獣の頭胴長は220～260mm、尾長175～220mmで体重は300g程である。毛色は、背面が灰褐色で覆面は白色、尾は淡灰褐色の太めで頭胴長より短い。クマネズミと違い手足の甲が白っぽいので区別できる。日本全土に分布し、一般住宅やビル内で優占種として生息している。平均寿命は約3年で、生後3ヶ月目から生殖可能となり年5～6回の分娩があり、平均6頭産む。また、性格は獰猛で雑食性であり、泳ぎが得意である。
クマネズミ -Rattus rattus -
住家性ネズミの中で中型かつ、やや痩せ型の種類。東南アジアのジャングルに住んでいた野ネズミだが、人間と生活するようになり、中世ヨーロッパにペストをもたらした犯人である。成獣の頭胴長は180～253mm、尾長171～258mmで体重は200g程である。建物内の壁裏や物陰などにビニール片や紙くずなどを集めて巣とする。また、登攀力に優れドブネズミと違い垂直にも行動をとる。平均寿命や繁殖率はドブネズミとほとんど変わらないが、乳児の離乳までの期間が若干長い。近年、ワルファリン（抗血液凝固性殺鼠剤）抵抗性のものが出現している。
ハツカネズミ -Mus musculus -
住家性のネズミの中で最も小形な種。成獣の頭胴長は58～103mm、尾長48mm～102mmで体重は20g程である。備品や調度の積荷の隙間、積み藁の下などに潜伏している。世界的に分布しており、亜種も多く存在する。眼はやや飛び出し気味で、耳は体に対して大きく折り返すと眼まで届く。平均寿命は1年半ほどで、生後2ヶ月目から生殖可能となり年6～10回の分娩があり、平均6頭産む。もともと農村環境に多い種で、農作物の被害や貯蔵穀物の食害が多い。